Long non Coding RNA Sequencing

(Long non Coding RNA Sequencing (lncseq
با گسترش دانش امروز در زمینه ی ارتباط تنگاتنگ بین عوامل موثر در بیان ژن ها و فنوتیپ بیماری ها مطالعه ی عوامل تنظیمی بیان ژن به مراتب از اهمیت بیشتری نسبت به بررسی ژن ها به تنهایی برخوردار است.
با مطالعه ژنتیکی در روند ایجاد بیماری ها به این واقعیت می رسیم که بررسی و شناسایی عواملی که به نوعی نقش تنظیمی و کنترل کننده را در بیان ژن ها ایفا میکنند پاسخگوی بسیاری از ابهاماتی هستند که در مطالعه ی مسیر های مولکولی دخیل در بیماری ها با ان مواجه هستیم. با توجه به اهمیت مولکول های تنظیم کننده بیان ژن ها امروزه بررسی پروفایل های تنظیمی به مراتب اهمیت بیشتری در قیاس با پروفایل های بیانی دارد. از سوی دیگر بررسی پروفایل های تنظیمی راهکاری هوشمند و کم خطر برای درمان ژنتیکی بسیاری از بیماری ها می باشد.

LncRNA ها از انواع RNA های ترجمه نشدنی با طولی بلند بیشتر از ۲۰۰ نوکلئوتید هستند. تعداد این مدل رونوشت از RNA در سلول حدودا ده برابر کمتر از m RNA ها است حال انکه از لحاظ عملکردی ۷۸% از انها عملکردی مختص به بافت داشته لین تنها ۱۹% از m RNA ها بیانی مختص به بافت دارند.این حقیقت اهمیت بررسی این رونوشت ها را در پروسه ی ایجاد اختلال در بافت های مختلف بدن بیش از پیش اشکار می سازد.از سوی دیگر بیان مختص به بافت اکثریت lncRNA ها انها را به بیومارکر های هوشمندی جهت تشخیص انواع مختلف بیماری تبدیل میکند.

شواهد اخیر نشان پیشنهاد می کنند که RNA های غیرکدکننده نیز در کنار miRNA ها نقش مهم و فعالی در تنظیم بیان ژن، سیگنالینگ اپی ژنتیک، پاسخ های استرس و غیره ایفا می کنند. در ابتدا تصور بر این بود که این رونوشت ها تنها به صورت محدود در جایگاه عمل می کنند به این معنا که تنها میتوانند بیان ژن های همجوار با محل سنتز خود را تنظیم نمایند؛ لیکن محققان به این حقیقت دست یافته اند که این رونوشت ها در کنار تنظیم بیان ژن های همسایه با محل تولید خود ، توانایی میانکش با صد ها جایگاه متفاوت بر روی کروماتین را داشته و از این طریق میتواند تنظیم حجم وسیعی از ژن ها را بر عهده بگیرد.
نحوه ی اتصال این رونوشت به mRNA در مرحله ی post transcription همانند miRNA ها می باشد.lncRNA ها با اتصال به نواحی مکمل خود در mRNA ادامه روند معمول بیان ژن ها از جمله splicing ، انتقال m RNA به خارج از هسته، ترجمه و تجزیه ی ان را تحت تاثیر قرار می دهد.

 عملکرد های تنظیمی lncRNA ها

عملکرد های تنظیمی lncRNA ها

با توجه به اهمیت lncRNA ها در القا و مهار مسیر های مولکولی دخیل در پروسه های اختلال شناخت و بررسی عملکرد انها بسیار حائز اهمیت می باشد لیکن تا به امروز بسیاری از این رونوشت ها ناشناخته و عملکرد بسیاری از انها در هاله ای از ابهام است.
امروزه با گسترش نگاه ژنتیکی در پروسه ی بررسی علل بروز بیماری ها و درمان ، و اهمیت بالای مولکول های تنظیمی در مسیر های مولکولی و با توجه به نقش مهم lncRNA ها در چرخه ی تنظیم بیان ژن ها، نگاه محققان به سمت این رونوشت تنظیمی جلب شده است به گونه ای که از سال های اخیر اکثر مقالات در مطالعه ی بیماری ها به بررسی تغییرات بیان lncRNA ها می پردازند. با توجه به دانش ناقص امروز در شناخت کامل lncRNA ها بهترین روش بررسی تغییرات بیان انها روش توالی یابی می باشد. با توجه به این حقیقت که روش توالی یابی نیازی به دانش قبلی برای ساخت و طراحی پرایمر و یا پروب مربوطه را ندارد و با در نظر گرفتن دقت و حساسیت بالای این تکنیک میتوان انتظار داشت که در کنار بررسی کمی تغییرات هر چند ناچیز در بیان lncRNA ها ، میتوان مدل های جدیدی از این رونوشت را نیز کشف کرد.
با کمک شناسایی انواع مختلف lncRNA می توان شبکه ی تنظیمی مروبط به مسیر های مختلف مولکولی را گسترش داد و همچنین ارتباطات ظریف بین سیستم های تنظیمی در بیان ژن ها را شناسایی کرد.
مراحل انجام lncRNA seq به سه مرحله تقسیم می شود.
مرحله ی اول مرحله ی اماده سازی کتابخانه است که شامل اماده سازی نمونه ها ، استخراج RNA ها به کمک کیت های مخصوص و بررسی کیفیت انها ، جداسازی بر اساس سایز ، اتصال اداپتور و در نهایت سنتز cDNA می باشد.
مرحله دوم تولی یابی به کمک دستگاه های مربوطه است.
مرحله ی سوم انالیز و تحلیل داده های خام حاصل از توالی یابی به کمک دانش بیوانفورماتیک می باشد.

آنالیز داده های RNAseq برای کشف lncRNA های جدید

انالیز داده های RNAseq برای کشف lncRNA های جدید

مزایای انجام lncRNA seq:
۱- بررسی جامع و کلی تغییرات بیان انواع lncRNA های موثر در تنظیم بیان ژن ها
۲- کشف lncRNA های جدید و ناشناخته دخیل در پروسه های ایجاد اختلال
۳- کشف شبکه های تنظیمی جدید و کارامد و موثر در القا و مهار مسیر های مولکولی داخل سلول
۴- شناسایی الگو های بیانی مختص به بافت
۵- کشف بیومارکر های جدید زیستی برای بیماری های مربوط به بافت
۶- امکان یافتن راهکار های پیشگیری و درمانی بیماری ها با کشف بیوماکر های lncRNA در بافت های مختلف
۷- امکان انجام بر روی هر گونه ی ناشناخته بدون در نیاز به توالی تنظیمی مرجع

print
Tags: , , ,


دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

5 + چهارده =